A Coopercon possui um setor da Qualidade para atuar sobre todos os processos administrativos com a finalidade de munir a Diretoria da Coopercon de informações confiáveis, objetivas e imparciais.

A Auditoria compõe o sistema de monitoramento dos controles internos da Cooperativa e atua de forma independente, estando ligada diretamente à Diretoria. As suas diretrizes e responsabilidades são pautadas pela Política de Controles Internos.

Dentre as atividades da Auditoria, estão: avaliação da integridade, adequação, eficácia, eficiência das rotinas e processos da Cooperativa e identificação de falhas e oportunidades de melhorias nos processos de gerenciamento de riscos.